Francis Younghusband sinh năm 1863 tại Murree, Ấn Độ thuộc Anh, trong một gia đình quân đội Anh, là anh trai của thiếu tướng George Younghusband và con trai thứ hai của thiếu tướng John W. Younghusband và vợ Clara Jane Shaw. anh trai của Clara, Robert Shaw, là một nhà thám hiểm ghi nhận của Trung Á. Chú của ông Trung tướng Charles Younghusband CB FRS, là một sĩ quan quân đội Anh và khí tượng học.[3]

Lúc còn là đứa trẻ, Francis đã được mẹ đưa đến sống ở Anh. Khi Clara trở về Ấn Độ vào năm 1867, bà đã gửi con trai của mình cho bà dì theo đạo nghiêm khắc và khổ hạnh. Năm 1870, mẹ và cha của cậu trở lại Anh và đoàn tụ gia đình. Năm 1876 tại mười ba tuổi, Francis nhập Clifton College, Bristol. Năm 1881 ông nhập Trường quân đội Hoàng gia, Sandhurst, và được đưa như một cấp thấp trong đội cận vệ Vua 1 Dragoon vào năm 1882.